在90年代中期，当一系列新药的出现使HIV感染成为一种可控制的慢性疾病时，医师通常在患者感染HIV后立即开始抗HIV药物治疗。从那时起，随着证据的不断积累，治疗指南逐渐放宽。两年前，美国国际AIDS学会委员会已经建议，在CD4＋淋巴细胞计数降低到350/mm3 时开始药物治疗。2001年1月，美国卫生与人类服务部（HHS）的专家小组也提出相同的建议。
美国医学会杂志（JAMA）刊登了新的HIV治疗指南。该指南提示，对于无症状的HIV感染者，可以在CD4＋淋巴细胞计数在200～350/mm3之间时开始服用抗HIV药物。该治疗指南指出，抗HIV药物对CD4＋淋巴细胞计数高的患者是有益的，但服用这些药物弊大于利。患者通常每次服用3种甚至更多的药物，而且这些药物的联用方案必须不断变换以对抗耐药性的产生。这些药物也具有严重不良反应，如胆固醇水平升高和由于脂肪重新分布而导致的身体变形。
作为一个为从事AIDS医疗的医师提供教育的非营利性机构，美国国际AIDS学会并不推荐应该使用哪种药物。但它指出，比起那些经常服用的药物，患者更可能坚持服用一日2次的药物。美国圣弗朗西斯科加利福尼亚大学（UCSF）的Volberding医师是美国国际AIDS学会主席，他说：“现在，几片药就能够像几年前的用大把药片一样有效地控制病毒。”
同期JAMA上发表的一项研究显示，部分被广泛应用的抗HIV药物的耐药性正在增长。这些药物为非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTI）。
耐药性往往在病毒发生变异时出现。这项纳入225例患者的研究显示，耐药性甚至在从未服用过抗HIV药物的HIV感染者体内出现。UCSF的Grant医师等报告，在1996—1997年感染HIV的患者，研究人员没有发现对抗HIV药物耐药的患者。然而，在2000—2001年感染的患者中，13.2％的患者对抗HIV药物发生耐药。
犹他大学的Trachtenberg和Sande说，医师需要将抗HIV药物耐药性的出现作为一种警示。
JAMA的另一项研究表明，使用（美国）国家血库的先进检测手段可以发现那些被常规检验漏诊的HIV感染者。常规的HIV检验是对病毒的抗体进行检测，而后者可能在感染后的2个月内都检测不到。ChapelHill北卡罗来纳大学的研究人员用更先进的方法对8155例患者进行筛查，结果发现了4例被漏诊的患者。
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