在程序方面的修改中，主要是为了方便损害赔偿额的举证。民事诉讼法第248条的特则规定，在认定存在损害的情况下，如果从损害的性质来看，对其额度的举证极为困难，法院可以根据口头辩论的全部内容和调查取证的结果，认定适当的损害赔偿额。同时，在民事诉讼法中，也有关于计算鉴定制度；但在专利侵权诉讼中，即使是有鉴定存在，如果行为人不积极协助的话，鉴定人也不能获得充分的资料。这样，修改中就设定了与以往的鉴定制度不同的专利诉讼特有的损害赔偿额鉴定制度。计算鉴定人是公认的会计师等专家，而对行为人设定了说明义务。[14]
总的说来，这次修改在加强专利权的保护、方便举证和加大赔偿额等方面起到了积极的作用。但是，损害赔偿额的认定方面，是一个较难的课题，仍需多方探索，加以完善。
例如，关于发现制度。在专利侵权诉讼中若要使专利侵权行为特定的话，需要引进发现制度。现行法的修改已经在使侵权行为特定化方面做出了种种努力，包括积极否认制度的引进、提出文书命令的扩充、计算鉴定人制度的引进等。但是，如果侵权人不进行积极否认或者不对提出文书命令做出反应的话，即使是进行了推定侵权的"真实拟制"，实际上若与实际行为相异的话，也很难执行停止侵害的命令。也有人认为，在侵权人不进行积极否认时应该采取扩充提出文书命令等措施，而在侵权人不服从这种提出命令时，应该遵照民事诉讼法的有关规定。不管怎样，都认为应该反映出辩论的全部意旨。而同时，有人认为，在有关计算鉴定人制度中，法院不能直接干预鉴定人与侵权人之间的关系，不能因为侵权人不对鉴定人做出协助就推定适用真实拟制。
在这次修改中，之所以在民事诉讼法和专利法中没有引进发现制度和鉴定人直接进入侵权人的工场进行鉴定的制度，是考虑到这样的原因：除了专利诉讼，其它诉讼如公害诉讼等也希望引进这种制度；而当时没有足够的依据说明，专利诉讼中就必须引进这种制度。"知识产权制度的特殊性使得引进这种制度必要的说明不充分。"[15]而且，专利权作为一种私权，在被告没有侵权的情况下，适用发现制度，允许鉴定人进入被告的生产场所，甚至使得商业秘密都得公开，这种做法是否妥当，或者说这种职权探知主义是否适用于专利制度，尚待进一步探讨。另外，引进一种国外的制度，还必须考虑其各种制度之间的相互关系，单单引进这一种制度能否奏效是一个问题，而引进得过多是否又会影响整个制度构成的性质又是一个问题。
但是，必须承认，没有这种发现制度，在判断侵权的实际操作中，是非常困难的。不克服损害赔偿额过低和举证困难这一弊端，就有可能使得整个专利法律制度空洞化。"因为现在的时代，人们可以选择适用的法律，这样，人们就有可能创造适用美国法律的条件，使得日本的法律制度形骸化。"[16]
又例如，关于停止侵害制度的完善问题。这涉及到侵害论与损害论、假处分与本案诉讼。侵害论之后即会出现损害论这一损害赔偿的认定问题。但是，一旦侵害被认定以后，即可以不经其它认定而立即进行停止侵害救济。这就是说，假处分可以与本案诉讼同时进行。这里，最主要的问题是尽快使得侵害行为特定化。为此，法律必须进行两点修改：第一，原告将对方行为的具体实施方式特定的情况下，对方不仅要否认，还要主张自己具体的实施方式；第二是提出文书命令问题，这里是仅由法官自己进行的程序（in camera），是否妥当还有待争论。在当今时代，若不及早确定侵权行为而做出及时的停止侵害的要求，是跟不上时代的步伐的。因此，有必要在损害赔偿额认定之前，发出停止侵害的命令。
在日本有关修改停止侵害命令的审议会上，有两种意见。第一是为了迅速认定侵权的物件或者侵权的事实，应规定被告方的协作义务，并在被告不协作时该采取制裁措施。当然，这也涉及到了商业秘密保持义务的问题。第二是一般的侵权诉讼都是停止侵害、损害赔偿以及假处分一起提出的，在此情况下，最终判决要等到损害赔偿额认定后才能确定。因此，有必要先作出停止侵害的判决，而后再对损害赔偿额做出认定，并做出相应的判决。但是，这一点在诉讼制度中却很难实现。这里只能使用的是假处分，甚至使用中间判决也成为问题。在侵害完结的阶段，法院如果认定侵害行为存在的话，就可以提出假处分。
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